Основная задача Российского фонда фундаментальных исследований – проведение конкурсного отбора лучших научных проектов из числа тех, что представлены Фонду учеными в инициативном порядке, и последующее организационно-финансовое обеспечение поддержанных проектов.
Организация деятельности в Фонде позволяет каждому исследователю вне зависимости от звания, возраста и ведомственной принадлежности на равных условиях участвовать в конкурсах и в случаях успеха получать финансовую поддержку своим исследованиям. Важным достижением РФФИ можно считать создание эффективной системы экспертизы научных проектов.