1. При соответствующей мощности оборудования и нужной версии OC, такой объем данных Loginom обработать вполне в состоянии. Указанный объем данных для Loginom не должен создать проблем, т.к. теоретическая допустимая размерность одного набора данных приблизительно составляет (2^63 * 2^31) значений. Однако, хотя процессоры x64 и позволяют...

В текущей версии Loginom таблицы сопряженности и структуры сети пока нет. Таблица сопряженности планируется в ближайших версиях. Необходимость отображдения структуры сети пока под сомнением.

А что мешает Вам еще раз щелкнуть по иконке запуска Deductor Studio и запустить еще один экземпляр программы?

А с какими объемами данных Вы пробуете работать в программе? Есть большая вероятность, что вы упираетесь в предел 2GB для x86 приложений, других ошибок предварительно на наблюдается?

Как говорится, выборка должна быть "репрезентативной" https://basegroup.ru/community/glossary/representativeness, т.о. возможные уникальные значения должны как минимум присутствовать в наборе.