Тоже столкнулся с этой проблемой. Файл *.NNW сохраняется только с половиной параметров(количество слоёв, нейронов и ещё кое-что), и открывается, но при этом нельзя провести вычисления на основе этой сохранёной сети(кнопка ВЫЧИСЛИТЬ не активирована). Скорее всего разработчики оставили эту фишку для самостоятельной работы.