Является наследником "Особой лаборатории", созданной в 1897 г. для разработки методов борьбы с чумой.
В настоящее время институт является крупнейшим научно-исследовательским учреждением, головным организационно-методическим центром по санитарно-эпидемиологической охране территории Российской Федерации от завоза и распространения особо опасных инфекционных болезней.